Tiền thân là Tổ sản xuất thuốc thuộc Công ty Y tế đường sắt được thành lập ngày 28/11/1972. Công ty nhận được Quyết định của Bộ trưởng Bộ GTVT chuyển DNNN - Công ty Dược và thiết bị vật tư y tế TRAPHACO - thành CTCP. Ngày 26/11/2008, mã cổ phiếu TRA của Công ty chính thức giao dịch tại Sở giao dịch chứng khoán TP.HCM. Hiện nay công ty có 04 công ty con - công ty liên kết với 03 nhà máy sản xuất dược và thực phẩm bảo vệ sức khoẻ đạt tiêu chuẩn GPs-WHO, 1 nhà máy chiết xuất dược liệu đạt chuẩn GMP-WHO và 5 vùng trồng/ thu hái dược liệu đạt chuẩn GACP-WHO. TRAPHACO đã trở thành thương hiệu dược phẩm số 1 ngành dược Việt Nam.