Được thành lập vào ngày 28/09/1996 trên cơ sở tổ chức lại Ban Quản lý các công trình nhà máy nước tỉnh Phú Yên, với tên gọi là Công ty Cấp nước Phú Yên hoạt động công ích theo Quyết định số 1443/QĐ-UB của UBND Tỉnh, quản lý và khai thác nhà máy nước thị xã Tuy Hòa với công suất là 5.000m3/ngày.