Công ty Cổ phần Nông sản thực phẩm Quảng Ngãi được thành lập năm 2003 với vốn điều lệ ban đầu 12.23 tỷ đồng trên cơ sở cổ phần hóa Công ty Nông sản thực phẩm Quảng Ngãi. Năm 2004, công ty đưa Nhà máy sản xuất tinh bột mì Sơn Hải - Sơn Hà (nay là Nhà máy sản xuất Tinh bột mì Quảng Ngãi - cơ sở 2) vào hoạt động. Công ty sau đó lần lượt mua các nhà máy Nhà máy sản xuất Tinh bột sắn ĐăkTô - Kon Tum, Nhà máy sản xuất Tinh bột sắn Tân Châu - Tây Ninh và chợ Quảng Ngãi, Nhà máy sản xuất tinh bột sắn Mang Yang, Nhà máy sản xuất tinh bột sắn An Khê. Bên cạnh đó, APF cũng quản lý vận hành 01 Nhà máy cồn với công suất 170 tấn/ngày, tương đương 50,000 tấn sản phẩm/năm.